Fakultas Teknologi Pertanian UGM tidak lahir begitu saja, tetapi melalui suatu pemikiran yang berawal dari suatu rapat Dewan Guru pada awal tahun 1960-an di Fakultas Pertanian dan Kehutanan UGM pada saat itu (pada waktu itu Fakultas Pertanian dan Kehutanan UGM mempunyai tiga organisasi staf pengajar yaitu Dewan Guru, Dewan Dosen, dan Koordinator Assisten). Rapat bersifat membahas instruksi/perintah Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan (PTIP) yang pada intinya supaya Fakultas Pertanian dan Kehutanan UGM dipecah menjadi tiga fakultas dengan tujuan untuk menambah jumlah Fakultas Eksakta sehingga perbandingan Eksakta : Sosial humaniora meningkat.
Dibentuklah tim yang mempersiapkan berdirinya FTP UGM yang bertugas antara lain mendefinisikan teknologi pertanian, menyusun kurikulum, menetapkan tenaga pengajar, dan mengiventarisasi mahasiswa.
Organ di lingkungan Fakultas Pertanian dan Kehutanan UGM yang bergabung menjadi Fakultas Teknologi Pertanian UGM adalah Jurusan Teknologi Pertanian dengan seksi-seksinya dan Jurusan Kultur Teknik dengan seksi-seksinya. Seksi Biokimia di Fakultas Pertanian dan Kehutanan UGM saat itu tidak bergabung dengan Fakultas Teknologi Pertanian.
